Vài nhà máy thủy điện tại Tây Nguyên khi vận hành đã đổi dòng nguồn nước sông, ảnh hưởng đến sinh hoạt của người dân, điển hình như khi vận hành nhà máy thủy điện An Khê – Ka Nak tại Gia Lai, lấy nước sông Ba nhưng lại trả nước về cho sông Kôn (Bình Định). Mỗi năm, hơn 300 tỷ m³ nước sông Ba đã bị chuyển về Bình Định, khiến hàng triệu hộ dân sống ở lưu vực sông Ba thiếu nước sinh hoạt và sản xuất. Về mùa khô, do không được trả dòng nên lưu vực sông Ba thường xuyên khô hạn. Trong khi đó, về mùa lũ, khi thuỷ điện xả lũ, người dân vùng hạ lưu lại phải hứng chịu. Dòng sông Serepok, phần lưu vực chảy qua Việt Nam chỉ dài trên 120 km nhưng đã có tới 7 công trình thuỷ điện lớn nhỏ được xây dựng. Nhà máy thuỷ điện Serepok 4A đã chặn dòng tại huyện Buôn Đôn (Đắk Lắk), chuyển nước sang khu vực khác để phát điện. Điều này đã ảnh hưởng lớn đến hệ sinh thái Vườn quốc gia Yok Đôn và Khu du lịch sinh thái Bản Đôn. Cả đoạn sông Serepok dài hàng chục kilomet đã cạn dần, trở thành dòng sông chết.

TS Đào Trọng Tứ, nguyên Phó Tổng thư ký Ủy ban sông Mê Kông Việt Nam cho biết, về nguyên tắc không được phép xây dựng các công trình chuyển nước trên các con sông bởi lẽ điều này sẽ làm thay đổi quy luật tự nhiên của các dòng sông, đồng thời làm gia tăng cuộc chiến tranh chấp nguồn nước giữa các địa phương.

Trong khi đó, GS Vũ Trọng Hồng, nguyên Thứ trưởng Bộ Nông nghiệp và Phát triển nông thôn, Chủ tịch Hội Thuỷ lợi Việt Nam thì cho rằng, Việt Nam đã phải trả giá cho việc xây dựng những công trình chuyển dòng như thuỷ điện Đắk Mi 4, An Khê – Kanak… [31]